管理信息系统必须采用系统的方法论来实现,可以归纳为系统的思想、数学的方法和计算机技术。系统的思想即把研究对象作为一个系统,考虑系统的一般特性和被研究对象的个性;数学的方法就是用定量技术既数学方法来研究系统,通过建立系统的数学模型和运行模型,将得到的结果进行分析、再用到原来的系统中;计算机技术是求解数学模型的工具,在计算机上用数学模型对现实系统进行模拟,以实现系统的最优化。美国学者霍尔最先提出了系统方法的“三维结构图”,这是系统方法论的基础。

"三维结构"是由时间、逻辑维、知识维组成的一个立体结构。时间维度将系统开发分为7个阶段来进行。
1、规划阶段:对系统进行定义,确定系统目标,制定开发规划和策略;
2、制定方案:提出具体实施方案;
3、研发阶段:实现系统的研发方案;
4、试运行阶段:将研发结构投入试运行;
5、安装调试阶段:将整个系统安装好,拟定运行规范和运行计划;
6、运行阶段:按预期目标运行系统;
7、更新阶段:不断完善和改进系统,确保系统满足日常业务和管理需求。

逻辑维是指系统开发过程中每个阶段所经历的步骤。
1、问题确定:通过收集数据,弄清问题的症结,确定这个阶段应该解决的问题;
2、确定目标及评价标准:即确定解决问题应达到的目标,又要确定阶段成果进行验证的标准;
3、系统综合:研究达到目标的各种方案和策略;
4、系统分析:通过建模,推断可选择的各种方案的可能结果;
5、最优化:对各种方案的可能结果进行比较、分析,求出最优的系统方案;
6、系统决策:在系统最优方案中进行选择,做出最后决策;
7、计划实施:将决策方案实施。

知识维是指完成各阶段、各步骤所需的知识。这些知识包括:工程知识、数学知识、社会科学、行为科学、控制论、计算机技术、通信技术、法律等。